Ein neues Kapitel in der Geschichte unserer Gemeinde begann in den Jahren 1990/1991, nachdem sich die Evangelisch-Lutherische Kirche mit Bischof Harald Kalnins 1988 neu konstituiert hatte. Im Mai 1991 reichte eine Initiativgruppe bei der Moskauer Justizbehörde die Dokumente zur Registrierung ein, und bereits am 7. Juni erhielt die Gemeinde die entsprechende Bescheinigung. Die Direktion des Studios „Diafilm", welche damals den gesamten Gebäudekomplex besaß, war bereit, den Vorführraum für die Feier von Gottesdiensten zur Verfügung zu stellen. Am 4. September 1991 hielten Bischof Kalnins und Pastor Stefan Reder, der später Rektor des Theologischen Seminars unserer Kirche wurde, den ersten Gottesdienst. Von da an gab es jeden Sonntag Gottesdienst, und 1992 bekam die Gemeinde ihren ersten eigenen Pastor - Gunnar von Schlippe.
Im Mai 1992 wurde der Gemeinde die zum Kirchenkomplex gehörige Kapelle übergeben, welche bis dahin für das Studio „Diafilm" als Werkstatt diente. Die Firma „Stromas" begann im Oktober 1992 unter Mitwirkung von zwei Brigaden Freiwilliger aus den USA mit der Rekonstruktion - Entfernung der Zwischendecke und Wiederherstellung des Inneren. Zu Ostern 1993 konnte die Kapelle eingeweiht werden, die Bauarbeiten wurden im Oktober desselben Jahres beendet. Die Sonntagsgottesdienste fanden bis Herbst 1998 in der Kapelle statt.
Mit Bescheid der Moskauer Stadtverwaltung wurde im Juli 1992 der Gemeinde die Kirche übergeben, und später in mehreren Etappen weitere Gebäude des Kirchenkomplexes. Allerdings gab es Probleme mit dem Auszug von „Diafilm", welche erst Mitte 1997 endgültig gelöst werden konnten. In der Zwischenzeit wurden sowohl von Seiten unserer Gemeindeglieder als auch von unseren Glaubensbrüdern und schwestern in Deutschland die Mittel aufgebracht, die es erlaubten, gegen Ende jenes Jahres mit der Renovierung des Altarraumes zu beginnen, wo ein Kirchensaal mit 200 Plätzen eingerichtet wurde. Dieser wurde am ersten Sonntag im Oktober 1998 eingeweiht. Bis zum Sommer 2004 fanden die Gottesdienste dort statt.
Zu dem Zeitpunkt schien es wegen der hohen Kosten unmöglich, an eine Restaurierung der Kirche im Originalzustand zu denken. Einige Arbeiten konnten jedoch durchgeführt werden, z.B. die Demontage der von "Diafilm" hinterlassenen Rohre und Leitungen. Mit Hilfe der Moskauer Stadtverwaltung wurde ein neues Transformatorenhaus für die Elektroversorgung gebaut, die Wärmeisolierung des Deckengewölbes und des Daches erneuert, nach alten Fotografien die westliche Fassade mit dem gotischen Rosettenfenster wieder hergestellt.
Im Jahre 2004 änderte sich die Situation, und es geschah, was man nur ein Wunder Gottes nennen kann. Nach langen Bemühungen wurden Sponsoren gefunden, sowohl Privatpersonen als auch Organisationen. Damit war die Möglichkeit gegeben, im Sommer jenes Jahres mit einer grundlegenden Restaurierung zu beginnen, deren Ziel es war, der Kathedrale ihr ursprüngliches Aussehen zu verleihen, dabei aber zeitgemäße technische Bedingungen zu erfüllen. Für die Zeit dieser Arbeiten musste die Gemeinde wieder in die Kapelle ausweichen. Viele Gottesdienstbesucher glaubten nicht an die Möglichkeit einer Restaurierung, aber es gab auch viele, die verstanden, dass die zeitweilige Unbequemlichkeit nichts zählt im Vergleich zum erwarteten Endresultat.
Zwischen 2004 und 2008 wurde der Innenraum der Kirche von der eingezogenen Zwischendecke und den vielen Zwischenwänden befreit, die Decke, die Wände und die stark beschädigten Säulen wieder hergestellt. Die von „Diafilm" zerstörten Balkonbrüstungen rund um den Saal wurden erneuert, die Türen - soweit erhalten - restauriert, die anderen neu gefertigt, eine Fußbodenheizung und ein Marmorboden verlegt. Die restaurierte Orgel wurde aufgestellt; über dem Altar wurden Buntglasfenster eingesetzt, das Kirchenschiff mit Eichenbänken nach historischem Vorbild ausgestattet. Außerdem wurden erhebliche Arbeiten durchgeführt, deren Ergebnis nicht ins Auge fällt: die Renovierung und Hydroisolierung der Kellerräume, Montage der Heizungs- und Lüftungssysteme, der Elektrik. Wesentlich veränderte auch der die Kirche umgebende Hof sein Aussehen - unzählige Schichten Asphalt wurden abgetragen, sodass das Territorium jetzt fast wieder auf dem Höhenniveau des Jahres 1905 ist.
Am 18, Dezember 2005, genau 100 Jahre nach der ersten Kirchweihe, weihte Bischof Siegfried Springer den neuen Altar ein, und seither finden die Gottesdienste regelmäßig hier statt. Immer noch sind wir weit entfernt vom endgültigen Ziel unserer Bemühungen, aber mit Gottes Hilfe wird die Kirche eines Tages in neuem altem Glanz erstrahlen. Und das Leben der Gemeinde geht weiter.